상동교회는 1889년 10월 9일 교회 대지를 구입함으로 창립되었다. 1885년 5월 3일 스크랜턴(william B. Scranton)선교사가 서울에 도착하여 선교사역을 시작함으로 설립한 감리교 교회로서 서울특별시 중구 남대문로 30에 위치하고 있다.

상동교회는 민족운동에 참여한 많은 인재들을 길러 내었는데, 이동녕, 박용만 이승만 등이 이들 중의 속하여 있었다. 구한말 당시 상동교회는 남학생과 여학생을 위한 초등학교인 공옥학교를 경영하고 있었는데, 이 학교의 교감 이회영, 교사 전덕기, 이동녕 등이 항일 비밀결사인 신민회를 결성하여 독립 의식을 고취하였다.

상동교회 현 예배당은 1976년에 완공한 것으로 당시 최고의 시설이었다. 고 박설봉 감독과 교우들이 상동교회의 정신을 이어 받아 설립했으며, 이 예배당에서 협성대학교가 시작되었고(1977년), 학교법인 삼일학원이 기독교사학으로 자리를 잡았다. 현재 이 예배당에서 상동교회는 세 개의 교회(상동교회, 삼일상동교회, 협성대학교)를 섬기고, 네 개의 학교(삼일중학교, 삼일공업고등학교, 삼일상업고등학교, 협성대학교)를 섬기며, 두 개의 복지센타(수원 청솔노인복지관, 서울 중구지역자활센터)를 운영하고 있다. 아울러 안산상록원과 대천수양관도 이 예배당과 함께 상동교회의 사역을 위해 함께 힘쓰고 있다. 상동교회는 "생기를 불어넣는 민족교회"의 사명을 섬기도록 126년 간 기도하며 소박하지만 우리의 사명을 기억하고 있다. 국가보훈처는 독립기념관을 통하여 이 건물을 국가 현충시설로 지정했다.

현재(2005.12.25) 제 25대 담임목사로 서철 목사가 취임하여 섬기고 있다.