그러나 1963년 11월 인종문제, 중국과의 국교회복 등 현안문제를 남겨 둔 케네디는 정치 유세를 위해 텍사스를 돌아다니고 있었다. 64년 대통령 선거가 채 일년도 남지 않았고, 남부지역에서 그에 대한 인기도는 민권에 관한 입법에 대한 그의 강력한 지지로 말미암아 고전을 면치 못하였다.
11월 22일, 케네디가 무개차에 앉아서 자동차 퍼레이드로 달라스시를 지나가고 있을 무렵, 한발의 총성이 울렸다. 총알 한발이 그의 목을 관통했다. 다른 총알을 맞고 그의 머리 절반은 부숴졌고, 또다른 한발로써 같은 차에 타고있던 텍사스 주지사 존 B. 코넬리는 부상당했다.
이는 텔리비젼과 전세계 동시방송의 츨현 이후에 일어난 최초의 세계적 주요 지도자의 암살이었다. 케네디의 암살 사건은, 이틀후의 그의 장례식과, 암살자로 지목된 리 하비 오스왈드(1939-1963)가 잭 루비(1911-1967)에 의해 살해된 것을 포함하여 방송되었는데, 이 방송은 는 전 세계의 주목을 끌었다.

 FBI와 달라스 경찰은 '리 하비 오스왈드'를 대통령 암살 용의자로 체포하고 그의 단독범행으로 결론을 내린다. 25일, 오스왈드가 호송도중 '잭 루비'에게 살해당하고 결국은 진실을 알수 없게 되어버린다. 존슨대통령은 '알 워렌'을 위원장으로 "워렌 위원회"를 구성하고 케네디 암살사건을 조사하게 하고 워렌 위원회는 오스왈드의 단독범행임을 최종결론 내리고 종결하게 된다. 그런데 워렌 위원회의 결론에 의심을 품는 사람들이 늘어나고 짐 게리슨 검사처럼 오스왈드의 단독범행이 아니라, 여러 명이 암살에 가담했고 그 뒤에는 CIA, FBI, 국방부 등 군산복합체 (軍産複合體) 가 관련되어 있다고 주장하는 사람들이 늘어나기 시작했다.

「월남전이 발발하자, 미국의 군부는 적극참여를 주장하지만, 케네디는 철수를 결정한다. 특히 취임 초, 쿠바의 카스트로를 제거하려는 CIA의 피그즈만 작전때 공군의 지원을 거부하여 작전이 실패로 돌아가자, 군부의 반발이 심했었다. 62년 쿠바사태때 강경한 정책으로 소련과의 싸움에서 이기고 그 영향으로 소련의 흐루시초프 수상과의 정상회담 등을 통한 화해무드가 무르익어가자 이를 불만으로 여기던 군산복합체의 음모로 암살이 진행되었고 오스왈드는 희생양에 불과했다. 워렌 위원회 또한 진실을 무시한 채, 군산복합체의 결론을 뒷받침하는 이론만을 발표했다.」 

이것이 게리슨 검사를 비롯한 사람들의 주장이다.
실제로 청문회가 1978년 미 의회에서 재개되었을 때에 다음과 같은 결론이 났다. 결론은 두번째 암살범이 또 다른 장소에서 케네디에게 총을 발사했으며, 아마도 그 총격은 치명적이었다는 것이다. 그러나 두번째의 암살범은 결코 밝혀질 수 없으며, 해를 이어 증식되온 수많은 케네디 암살 음모설 중 어떤 것도 밝힐 수 있는 증거를 찾아낸 것은 없다라는 것이다.

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