사단법인 한국기독교선교단체협의회는 1977. 5. 16~17일 서울 새문안 교회에서 창립총회가 열림으로 시작되었다.
회장 강신명 목사(한국기독교선교회)와 부회장 각 선교회 회장(10인), 김세진목사(한국기독교국제선교회), 유호준 목사(한중일삼국선교회), 김창인 목사(북한선교회), 정진경 목사 (한국외항선교회), 박성겸 목사(로고스선교회), 신동혁 목사(아가페선교회), 최동진 목사(아세아복음선교회), 정석홍 목사(아세아복음선교회 한국연맹), 최홍석 목사(오메가선교회), 박치순 목사(한국국제복음전도회)등의 10여 개의 단체로 시작하여 1983년 문화공보부(현 문화관광부)로 부터 사단법인으로 승인된 단체 이며, 2004년 현재 80여개의 단체에 이르기 까지 선교 실행에 동참하여 일하고 있다. 

1978. 5.25 미국선교연구원 U. S center for World Mission(원장 윈터박사)과 자매결연을 맺었고 1985. 3. 14. 세계선교사훈련원 연구과정 1기 수료식을 하였고 1987.3. 12. 2기 까지 수료하였다.

1996. 3.19. 제19차 정기총회 및 제28회 선교문제연구회를 갖었다.

소속 단체 자격은 기독교 내 활동하는 초교파적 모든 단체에게 회원 자격이 주어지며 선교활동을 하는 단체로써 국내.외 목회자와 자비랑 선교사에 이르기까지 다양한 선교 분야를 모두 수용하고, 현 활동 중인 선교 단체의 범위 또한 여러므로 확대되어지고 있다. 본 단체를 통해 각 선교 회원 단체들은 매년 1~2회씩 현 문화관광부에 회원단체로 등록이 되어지며, 이를 통해 각종 허가 서류및 세무에 관계하여 일괄의 행정 업무를 보조하는 업무를 하고 있다. 2004년 현재 112개 단체가 가입되어 있다.

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