중종반정 공신 중 대다수가 거짓 공훈으로 공신에 올랐다 하여 이들의 거짓 공훈을 박탈하고자 하였으나, 자신들의 거짓 공훈이 삭제될 것을 두려워한 훈구파 신하들이 이에 반발하여 오히려 조광조를 모함하였다. 결국 남곤, 심정, 홍경주의 모함과 중종의 변심으로 조광조는 전남 능주(지금의 화순)에 유배되어 1519년(기묘년)에 사약을 받고 숨졌다. 이를 기묘사화라 한다.

인종 원년에 복권되고, 선조대에는 의정부 영의정에 추증되고 '문정'(文正)의 시호를 받았다. 광해군 2년(1610)에는 문묘(文廟)에 배향되었다. 김굉필, 정여창, 이언적, 이황 등과 함께 '동방 5현'이라 일컫기도 한다.

묘는 용인시 수지구 상현1동에 있으며 묘소 왼편에 심곡서원이 있다. 저서로 《정암집》이 있고, 시호는 문정(文正)이다.

조광조 등장의 시대적 배경
1506년(연산군 12) 년에 성희안과 박원종은 인망이 높던 이조판서 유순정 에게 도움 을 청하여 호응을 얻어서 반정에 성공하여 대비(大妃: 成宗의 繼妃)의 윤허를 받아 연산 군을 폐하고, 진성대군을 맞아 왕으로 옹립하였다 이 사건이 중종반정인 것이다
반정으로 왕위에 올라 후에 중종으로 불리게 되는 진성대군은 반정 전야까지도 자신이 왕으로 추대된 것을 알지 못하였다. 때문에 즉위 초반부터 왕으로서 정치권력을 장악하 기가 매우 어려워 결국 반정공신 세력에 의지하여 국정을 운영해야 했다. 특히 반정을 주도한 박원종·성희안·유순정의 삼인은 그 권력이 대단하였다.

조광조 출생 전후 조선 전기의 시대상황은 국가의 중심 권력이 흔들리고 있을 뿐만 아니 라 국가를 이끌어 가는 유교적 명분 그 자체가 위협받고 있던 시기라고 할 수 있다. 중종 반정의 주역들은 동시에 연산군대의 중신들이었다. 바로 이들이 반정 이후 정국공신에 책 봉되어 많은 특혜를 받고 중종 초의 정권을 독점하였다. 중종은 연산군을 폐위시킨 반정의 주역들에 의하여 옹립된 왕이었다. 중종은 왕위에 오를 것에 대한 준비를 갖출 여유가 없 었으며, 연산군의 뒤를 이어 조선의 왕위에 올랐다 하더라도 정치적 힘을 발휘 할 수 있는 배경이 전혀 없었으므로 중종의 왕권은 무력 할 수밖에 없었다,