1894년 미국 북장로교회 선교사 모삼열 목사와 김영옥, 천광실 조사 및 마영준, 이승두 전도인의 전도로 여러명의 성도를 맞이하면서 선교사 이길함 목사와 서상륜 조사가 전도하고 현 위치 연지동(136-17번지)에 초가 1동을 매수해 예배처소로 삼아 교회가 시작되었다. 1897년 2월에 세례교인 16명이 되었으며 1898년에는 연동소학교를 설립하고 남학생 10여명을 모집하였다.

1900년 4월 10일 선교사 기보 목사가 순회전도 중 얻은 병으로 별세하고 5월에 기일(게일) 선교사가 담임 목사로 부임했다. 고찬익 조사가 부임하고 전도에 진력해 교인수가 200명에 달하였다. 게일 목사가 고종황제의 고문으로 추대되면서 독립협회 사건으로 투옥된 김정식, 안국선, 유성준, 이상재, 이승만, 이원긍, 홍재기 등 민족 지도자들을 수시로 심방했다.

1901년 교회 부속건물에서 게일 목사가 교장 겸 설립자로 민충식, 서병호, 이덕준 등 6명을 모아 경신학교의 전신인중학교를 개교하다(1902년 예수교중학교로 개명하고 연지동 1번지로 이전).

1904년 고찬익 장로 장립식을 거행하고(제1대 장로) 최초의 조직교회로서 당회를 조직했다. 1907년에는 매주 평균 1,200여명의 교인이 출석하다. 1908년 9월 6일 연동교회에서 제2회 조선예수교장로회 독노회를 개최하고 회장에 게일 목사가 선출되다. 1942년 8월 30일에 일제의 탄압으로 교회당(효제동) 건물과 대지를 남선전기주식회사에 강제 매도당하고 9월 9일부터 전도실(연지동)에서 예배를 드리다. 1959년 9월 24일 대한예수교장로회 제44회 총회(장소:대전중앙교회)의 분열로 9월 29일 연동교회에서 속개하고 '통합'에 속하다. 1994년 10월 23일 교회창립 100주년 기념예배를 드리고 제4회 게일문학상을 박동진 명창에게, 송암봉사상을 총회 자선사업재단에 수여하고 30일에는 기념음악회를 갖었다.

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