1885년(고종 22년) 서의(西醫) 미국인 알렌(Allen,H.N., 安蓮) 선교사가 2월 29일 고종의 윤허를 받아 활인원(活人院)과 혜민원(惠民院)을 개편해 한성(漢成)의 제동(齊洞)에 왕립으로 세운 광혜원(廣惠院)으로 '왕립광혜원(王立廣惠院)'으로 불렀다. 이 명칭은 사무를 담당하던 통리교섭통상사무아문(統理交涉通商事務衙門)의 계(啓)에 의하여 그 해 3월 12일 제중원(House of Universal Helpfulness)으로 개칭되었다.

알렌의 명성이 알려지면서 환자수가 늘어나 앨런과 함께 W. B. 스크랜턴, J. H. 헤런, A. J. 엘리스 등이 진료했으며, 특히 엘리스는 새로 설치된 부인부(婦人部)를 담당하는 이외에 왕녀(王女) 및 왕실부인들의 진료에도 종사했다. 제중원은 개설 이후 환자수가 계속 늘어나자 1887년 장소를 넓혀 한성 남부 동현(銅峴：지금의 을지로)으로 옮겨가게 되었다.

1887년 가을 알렌이 미국특파전권대사 박정양(朴定陽)의 수행원으로 떠나게 되자 제중원의 진료업무는 헤론이 전담하게 되었고, 부인부의 여의는 엘러스가 혼인하게 됨에 따라 호르톤(Horton,L.S.)으로 교체되었다.

그 뒤 알렌이 돌아왔으나 미국 공사관 서기관이 되었으므로 병원진료는 하지 않았고, 1890년 여름 헤론이 병사하자 캐나다에서 다시 파견된 빅톤(Victon,C.C.)이 의료업무를 이어 맡다가 1893년 다시 추가로 파견된 에비슨(Avison,O.R., 魚丕信)에게 인계되었다.

1899년 미국 클리블랜드시의 세브란스(L. H. Severance)씨로부터 기증 받았던 기금으로 1904년 병원을 신축하고 의학 교육기관을 세웠는데 이것이 오늘날 세브란스병원이며, 세브란스의학전문학교이다.