1954년 4월 23일 경북 안동중앙교회에서 회집된 제39회 총회는 27회 총회에서 결의한 신사참배결의를 취소하고 성명서를 발표하였다. 24일 밤에 속회된 총회는 권연호 목사의 제안으로 27회 총회에서 결의한 신사참배결의를 취소하고 성명서를 발표하기로 가결하였다.

이에 신사참배 취소 절차와 성명서 작성을 위한 3인을 선정하니 이원영 명신홍 권연호씨가 피선되었다(제39회 총회록 258쪽). 같은 달 26일 오전에 신사참배의 문제에 대한 위원회의 보고를 받고 취소성명서를 전국 교회 앞에 공포하니 다음과 같다.

“대한예수교장로회 제39회 총회는 1938년 9월9일 평양서문교회에서 회집한 제27회 총회 결의인 ‘신사는 종교가 아니오 기독교의 교리에 위반하지 않는 본의를 이해하고 신사참배가 애국적 국가의식임을 자각하며 또 이에 신사참배를 솔선 이행하고 추이 국민정신 총동원에 참가하여 비상시국 하에서 총후 황국신민으로서 적성을 다하기로 기함’의 성명서에 대하여 그 결의는 일제의 강압에 못이긴 결정이었으나 이것이 하나님 앞에 계명을 범한 것임을 자각하고 남부대회(1946년)가 신사참배 회개운동을 결의실행하였으나 남북통일 총회가 아니었던고로 금반 남북이 통일된 본 총회는 이를 취소하고 전국 교회 앞에 성명함”이에 총회는 통회자복하고 연보하여 신사참배로 순교한 유족들에게 위문금을 보내었다(제39회 총회 회의록 263쪽).

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