1893년 6월에 선교사 사무엘 무어 목사에 의해서 곤당골교회(현 승동교회)가 설립되었다. 1895년 곤당골교회의 화재로 인해 곤당골교회와 홍문섯골교회가 합하여 홍문섯골교회로 부르고 1902년 2월 선교사공의회에서 홍문섯골교회를 치리하다가 해산하고 교우들은 제중원 안에 있는 교회(동현교회)로 옮겨갔다.

1905년 8월 현 인사동 137번지로 옮기면서 중앙교회로 개칭하고, 제2대 담임목사로 곽안련 목사(Rev. Charles Allen Clark) 시무(1906년 3월 위임) 승동기독학교(현대식 초등학교) 시작하였다. 1909년에는 안동교회를 개척하여 1911년에 자립시켰다.,

1935년 7월에 제8대 담임목사로 김익두 목사가 부임했으나 1938년 7월 10일 일경의 검속으로 사임했다. 1940년 4월 29일에 조선신학교(한신학대학교 전신) 개교(원장 김대현 장로)하였다. 1959년 11월 대한예수교장로회 제44회 총회가 정회됨에 본교회는 중립을 지키기로 하였으나, 재소집되는 경기노회에 총대를 파견키로 하고 총회장 노진현 목사의 요청에 따라 제44회 총회 속회 장로로 본교회당을 허락 하였다. 1960년 12월 13일 제45회 총회가 본교회당에서 회집하여 고신측과 합동케 됨에, 본교단에 대하여 합동측이라는 별칭이 생겨났다.

1971년 5월 17일 미국예수교 북장로회 대한선교회 유지재단 명의로 등기되어 있던 본교회대지 736평 4홉을 기증받아 승동교회 명의로 등기하고 1974년 5월 18일 통합측 경기노회와 소송중이던 건물을 승소판결받아 교회 명의로 등기함으로 오늘의 교회에 이르고 있다. 승동교회의 역사는 한국장로교회의 분열의 아픔을 간직하고 있는 교회이다. 

장로교회 한 뿌리인 대한예수교장로회 통합, 고신 뿐만 아니라 한국기독교장로회(한신대학교)를 태동시킨 역사의 증인인 교회이다. 현재는 대한예수교장로회 합동으로 서울특별시 종로구 인사동 137번지에 위치한다. 

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