로드(Laud) 대주교는 1641년 의회에 의해 수감되었다가 반역죄로 1645년 런던 타워(Tower of London)에서 참수형을 당했다. 감독들에 의한 교회 체제도 1646년에 폐지되었다. 시민전쟁에서의 의회가 점차 승리를 거두자 새로운 문제도 나타났다. 이것은 의회 내에서 장로교도와 독립교도들 사이에 일어난 분열이었다.

의회의 대다수를 차지하는 장로교인들은 주로 독립교인들이 장악하고 있는 군대를 싫어하고 두려워하였다. 한편 찰스 왕은 스코틀랜드인들과 비밀 조약을 협상함으로써 시민전쟁을 재개시켰다. 찰스 왕의 이러한 이중 정책은 군부로 하여금 그를 재판에 회부케 하였고 1649년 1월에 잉글랜드 공화국의 반역자로 처형되었다.

찰스 2세는 스코틀랜드에서 왕으로 인정되었다. 그러나 찰스 2세를 지지하는 군대가 1650년 던바(Dunbar) 전투에서 크로웸에게 패하였다. 정확하게 1년 뒤에 찰스 2세를 지원하는 군대들이 워세스터(Worcester)에서 참패를 당하였다. 의회의 최종적 승리로 시민전쟁은 종식되었다. 찰스 2세는 프랑스로 망명하고 크롬웰은 호민관(Lord Protector)이 되어 의회를 통해 국가를 다스렸다. 그는 종교의 자유를 굳게 믿은 사람이었다. 이 점에서 그는 시대를 앞선 사람이었다.

1643년 6월 12일 의회는 잉글랜드 국교회의 운영 체제와 예배의식에 관한 문제를 결정하기 위해서 학식 있고 경건한 사람들을 회집하는 법령을 통과시켰다. 그래서 같은 해 7월 1일에 웨스트민스터 총회(Westminster Assembly)가 열렸다. 이것이 1649년 2월까지 있었던, 1,163회의 모임 중에서 첫 번째 회집이었다.

웨스트민스터 총회에 임명된 사람은 151명이었는데, 그중에서 121명이 목사들이고 나머지 30명은 평신도였다. 이 총회는 웨스트민스터 신앙고백(The Confession of Faith)과 대교리 문답 및 소교리 문답 (The Larger and Shorter Catechisms), 공공 예배 지침서(The Directory of Public Worship)의 작성을 마쳤다. 이 문서들의 영향은 심대하였다. 특히 신앙고백서는 전세계적으로 후속 세대에게 막대한 영향을 끼쳤다.

한편 회중교회는 1658년에, 침례교는 1677년에 웨스트민스터 신앙고백서의 기본 고백들을 그대로 수용하면서 전체의 약 10퍼센트에 해당하는 부분에서 수정을 가하였다.

17세기 중반의 청교도 목사들의 리더십이 지닌 깊이와 질은 잉글랜드의 교회사에서 독특하다. 이 당시에 잘 알려진 청교도 목사들은 로버트 볼턴(Robert Bolton), 로버트 해리스(Robert Harris), 제레마이어 버로우즈(Jeremiah Burroughs), 윌리엄 구지(William Gouge) 등이다.

1640-60년 사이와 그 이후에 살았던 가장 유명한 청교도들로서 저술이 전집으로 당시나 혹은 현대에 와서 모두 다시 출판된 사람들은 토마스 굿윈(Thomas Goodwin), 토마스 맨턴(Thomas Manton), 스티븐 챠녹(Stephen Charnock), 존 오언(John Owen), 리처드 백스터(Richard Baxter), 존 번연(John Bunyan), 존 플레이블(John Flavel), 윌리엄 브리지(William Bridge), 데이빗 클락슨(David Clarkson), 조지 스윈녹(George Swinnock), 리처드 십스(Richard Sibbes), 존 하우(John Howe)이다.

웨스트민스터 총회에 관련됐던 지도자로서 가장 유명한 인물 중에 한 명은 윌리엄 구지(William Gouge)였다. 그는 런던의 교회 역사에서 가장 길고 강력한 사역을 한 사람이었다. 에드먼드 캘러미(Edmund Calamy)는 장로교파의 지도자로 인정되는 사람으로서 두드러진 인물이었다. 그는 의회에서 자주 설교하였다.

핸서드 놀리즈(Hanserd Knollys)와 헨리 제시(Henry Jessey)는 침례교인들이었다. 그들의 전기는 최근에 침례교도들에게 커다란 감동을 주었다. 존 번연의 불후의 작품인 '천로역정'(The Pilgrim's Progress)과 '성전'(The Holy War)을 비롯한 다른 유명한 저서들은 지금도 계속 출판되고 있다. 예컨대 토마스 왓슨(Thomas Watson)의 '신령한 한 몸'(A Body of Divinity)과 백스터(Baxter)의 '개혁된 목회자'(The Reformed Pastor)를 들 수 있다.

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